Drugi ciklus studija organizuje se i izvodi prema utvrđenim studijskim programima za određene studijske odsjeke. Studijski programi su koncipirani u skladu sa postojećim usmjerenjima i naučnim oblastima koje se izučavaju na prvom ciklusu studija.
Studij „Menadžment preduzeća” je namijenjen onima koji žele kombinovati analitička znanja iz ekonomije i businessa sa praktičnim znanjima i vještinama menadžmenata. Rezultat ovog studija treba da budu ne samo budući menadžeri već i tzv. poslovni analitičari (business analysts) sa odličnim poznavanjem logike odvijanja poslovnih procesa. Ovaj program pruža najprije osnovna znanja iz ekonomije, biznisa i menadžmenta, a zatim osigurava menadžerska znanja i alate u pojedinim područjima kao što su: marketing menadžment, operacijski menadžment, informacijski menadžment itd. Pored navedenih znanja, budući menadžeri se kroz kvantitativne predmete obrazuju za korištenje analitičkih metoda i tehnika u savremenom upravljanju.
Studij „Računovodstveni i revizijski menadžment” je namijenjen onima koji žele kombinovati analitička znanja iz ekonomije i businessa sa praktičnim znanjima i vještinama koje se izučavaju računovodstvom. Rezultat ovog studija treba da budu ne samo budući računovođe već i tzv. poslovni analitičari (business analysts) sa odličnim poznavanjem logike odvijanja poslovnih procesa i analize finansijskih izvještaja što im omogućuje prikupljanje informacija za donošenje poslovnih odluka. Ovaj program pruža najprije osnovna znanja iz ekonomije, biznisa i menadžmenta, a zatim osigurava računovodstvena i revizijska znanja i alate u pojedinim područjima kao što su: interna revizija, finansijsko izvještavanje, računovodstvo troškova itd.
Studij „Lokalni ekonomski razvoj i politika“ je namijenjen onima koji žele da steknu potrebna znanja i profesionalne kompetencije u kreiranju razvojnih dokumenata lokalnih zajednica, te samostalnom obavljanju poslovnih analiza i istraživačkih procesa u privatnom i javnom sektoru. Budući magistri ekonomije nakon okončanja studijskog programa „Lokalni ekonomski razvoj i politika“, će biti osposobljeni da odgovore na predstojeće izazove u nekim usko specijaliziranim područjima od vitalnog interesa za razvoj lokalnih ekonomskih politika i upravljanja procesima planiranja različitim razvojnim projekata u privatnom sektoru, kao što su ekonomska analiza, ekonomsko istraživanje, izrada strateških dokumenata za održivi rast i razvoj, odnosno upravljanja procesima razvoja elemenata poduzetničke infrastrukture i sprovođenja niza neophodnih institucionalnih reformi u zemljama u tranziciji.
Studij „Poslovne i javne finansije“ je namijenjen onima koji žele da unaprijede stečena znanja i vještine u rješavanja konkretnih problema iz područja poslovnih i javnih finansija u zemljama u tranziciji. Studijski program je struktuiran s ciljem pokrivanja više disciplina iz naučne oblasti finansija, kao što su: bankarstvo i finansijska tržišta u razvoju, javne finansije i budžetiranje, finansijsko planiranje, analiza i kontrola i modeli u finansijskom menadžmentu. Budući magistri ekonomije nakon okončanja studijskog programa „Poslovne i javne finansije“, će biti osposobljeni za obavljanje poslova: finansijske analize, finansijskih ulaganja, upravljanja rizicima, kreiranja i izvršavanja budžeta, procjene efektivnosti, efikasnosti i ekonomičnosti javnog finansiranja, procjene efekata budžetskih politika, finansijskog upravljanja u javnom sektoru, procjene vrijednosti preduzeća, upravljanja investicijama i upravljanja poslovnom aktivom i obavezama preduzeća.
Osnovni cilj navedenih studijska programa osim naučnog i stručnog obrazovanja magistara ekonomije iz definiranih područja je orijentiran i na nastavak daljih akademskih istraživanja u okviru doktorskih studija po bolonjskom modelu (proces uspostave doktorskog studija je u toku).
